Re:Easter Egg de Metroid en Majora´s Mask 3D?

El diseño original de la puerta ciertamente es diferente.

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Eso podría indicar que el nuevo diseño es intencional, pero a la vez no significa mucho si consideras que el antiguo diseño era inferior en cuanto a calidad de la imagen, solo por ese hecho la nueva puerta necesitaría de una nueva imagen, y al ser una imagen cualquiera, no era necesario utilizar el mismo diseño, tal vez les pareció mejor simplemente cambiarlo.

Que se parezca al casco de Samus es discutible, porque el casco ha tenido variaciones en el diseño, como el color del visor o la parte superior central del mismo.

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En ese sentido no es necesario que (en el caso de ser una referencia real) el casco de la puerta de TLoZ sea similar a alguno de los cascos que Samus ha usado, sobretodo si pensamos que en un futuro Metroid, es posible que el casco tenga un diseño completamente nuevo. Puede hacer referencia a un diseño que se utilizará más adelante.

Por otro lado no veo la necesidad de disimularlo de forma tan difusa en las marcas de la madera, a los lados del túnel hay dibujos, lo que me hace pensar que si fuera una referencia real, tendría más sentido que fuera un casco dibujado con colores.

Tampoco está establecido el nivel de sutileza y exactitud que un huevo de pascua deba tener para ser considerado como tal, ya que puede ir desde un nivel completamente replicado con música de fondo incluida, como también una simple combinación de colores en el traje de algún personaje.

Pero en una noticia ya publicaron que hay una referencia al GameCube y a ROB, y esas si eran referencias claras, si pusieran una referencia de Mertiod, dudo mucho que sea tan difusa como la veta de la madera.
Yo no creo que sea una referencia
Finalmente hay que considerar ¿Qué tan notorio es esa referencia? podemos ver que así como tu y yo vemos el casco, hay otros usuarios que no lo ven, de modo que es posible que se trate de nuestras mentes que están viendo ahí algo que realmente no está.