No tienen nada que ver una con la otra, pero si puedes permitirte las dos, yo te aconsejaría comprar ahora la 3DS que la disfrutaras mucho mas por su amplio catalogo, la Wii U al no tener casi juegos actualmente lo mejor es esperarse a que salgan los títulos que te interesen.
Si solo puedes decantarte por una u otra en eso si que no te puedo aconsejar ya que dependería de muchos puntos.