Al comenzar Fire Emblem: Fortune’s Weave, los jugadores podrán elegir entre las dificultades Normal, recomendada para principiantes y jugadores intermedios, y Difícil, pensada para jugadores avanzados.
También podrán escoger entre los modos Casual, en el que los personajes derrotados regresan al finalizar la batalla, y Clásico, donde los personajes que mueren en combate no pueden recuperarse.
Estas opciones son similares a las de Fire Emblem: Three Houses, aunque queda por saber si el juego contará también con un nivel Extremo, que podría añadirse posteriormente mediante una actualización como ocurrió con Three Houses.
